Байгалийн түүхийн музей нь 9 сан хөмрөгт 12 мянга гаруй үзмэрийг арчилж, хадгалж, хамгаалж байна. Эдгээрийг дурдвал:

1. Геологийн сан хөмрөг
2. Палеонтологийн сан хөмрөг
3. Хөхтөн амьтдын сан хөмрөг
4. Шувууны сан хөмрөг
5. Загас, хоёр нутагтан мөлхөгчийн сан хөмрөг
6. Шавжийн сан хөмрөг
7. Далайн амьтдын сан хөмрөг
8. Ургамлын сан хөмрөг
9. Туслах хэрэглэгдэхүүний сан хөмрөгтэй.